На півночі Нідерландів переважають сучасні та плейстоценові піщано-глинисті морські та річкові відклади. Зі сходу розташовані льодовикові та флювіогляціальні відклади. Дельти річок складені річковими відкладами, а землі південної провінції Лімбург складаються в основному з вапняків, мергелів та крейди пізнього мезозою, палеогену та неогену. Від Рейнських Сланцевих гір через територію колишньої затоки Зейдерзе в північно-західному напрямку тягнеться Центральнонідерландський вал осадових порід. В інших місцях прошарки залягають спокійно.
Країна має досить значні запаси природного газу та нафти, родовища яких розташовані в областях відносних западин на захід та схід від озера Ейсселмер, а також на шельфі Північного моря. Також є запаси кам'яного та бурого вугілля на півдні Лімбургу, торфу, кухонної солі та каоліну.